A Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB), após um primeiro momento de apoio ao golpe, passou a denunciar a violação aos direitos humanos, particularmente as agressões a membros do clero católico.

Alguns grupos, principalmente aqueles egressos do movimento estudantil, resistiram ao endurecimento do regime após o AI-5, organizando movimentos de guerrilha rural e urbana.

Com a dissolução dos partidos políticos em 1965 e a obrigatoriedade do bipartidarismo, a oposição legal se reuniu em torno do Movimento Democrático Brasileiro (MDB), na perspectiva de poder denunciar, através das campanhas eleitorais, o cerceamento do Poder Legislativo e a falta de liberdade de expressão.

Diversas manifestações culturais entre 1964 e 1968, tanto nas artes plásticas, como no teatro, no cinema e na música, proclamaram o descontentamento de artistas com o governo autoritário.

Oposicionistas inicialmente, empresários - cerceados na sua liberdade de investir - e trabalhadores - proibidos de organizar greves e manifestações públicas - irão, após 1968, com o "Milagre econômico", apoiar os governos militares.